除去检查前的准备时间，一般情况下检查时间为3－5分钟左右。若需进行镜下治疗，时间需按病情适当延长。
如进行超细胃镜下胃息肉摘除术，按息肉的大小、部位、数量等情况，一般需要15分钟左右；如胃异物的清除，也需按异物的大小、数量、部位及不同种类的异物清除时间各不样同，一般也需15分种左右。如超细胃镜下止血治疗，一般在10分种左右等。