有人认为，手术切除胆囊会改变胆汁的排泄途径，胆汁可通过胆总管直接排入肠道（而非先在胆囊内储存，进食时再由胆囊排入肠道）。由于胆汁长期持续地刺激肠道，从而可诱发结肠癌（胆汁中的次级胆汁酸有可能致癌或协同致癌）。另外，胆汁排泄异常也可影响消化功能，引起消化不良和大便次数增多等，因此对胆囊结石主张内科治疗。

    对上述意见，多数医生持不同看法，如有文献报告，对14733例切除胆囊的患者随访11～14年，并未发现结肠癌发生的危险性增加；第四军医大学附属医院外科，对500例手术切除的结肠癌作了回顾性分析，也未发现切除胆囊与结肠癌的发生有明显关系。我国著名肝胆外科专家黄志强院士指出：一个长有结石的胆囊，往往已失去了它的储存、浓缩和排泄胆汁的功能，保存一个有病的胆囊就相当于保存一个病灶。实际上胆囊切除前，相当多的情况是胆汁已直接经胆总管流入十二指肠，因此，在胆囊切除前后胆汁的流向是一样的。而且很有趣的是，人的神经系统有很强的适应能力，在胆囊切除后经过一段时间的调节，肝细胞会在餐后人体需要胆汁时，增加胆汁分泌。因此，切除胆囊后不会明显影响消化功能。